Historia AEGEE sięga dnia 16 kwietnia 1985 roku, kiedy to grupa studentów postanowiła zorganizować w Paryżu konferencję “EGEE” (Etats Généraux des Etudiants de l’Europe). Konferencja ta dała początek dyskusji studentów z krajów europejskiej na temat procesu integracji europejskiej i prezentacji swoich poglądów przedstawicielom Wspólnoty Europejskiej oraz rządom krajowym. Rok później opracowano specyficzną strukturę organizacji, która nie zawierała poziomu narodowego. Inicjatorem i pierwszym Prezydentem został Franck Biancheri. Oddziały lokalne powstały w 6 miejscowościach: Paryżu, Leiden, Londynie, Madrycie, Milanie i München, szybko rozciągając swoją działalność na całą Europę. Rok 1988 przyniósł zmianę nazwy organizacji na AEGEE, która to zachowała się po dzień dzisiejszy.

W 1989 roku AEGEE wychodząc naprzeciw dokonującym się zmianom politycznym zaczęło rozszerzać swoją działalność się na tereny Europy Środkowo - Wschodniej. Rozpoczęto od przeniesienia organizacji głównych wydarzeń do państw Europy Wschodniej. To zapoczątkowało powstawanie nowych anten na tych terenach.

Rosnąca sieć anten oraz rosnąca liczba kontaktów zewnętrznych głównie w stolicy Belgi a także poczucie braku kontroli nad całością było bodźcem do przeniesienia w roku 1996 centrali organizacji właśnie do Brukseli. To zapoczątkowało okres coraz częstszych i coraz bardziej poważnych kontaktów z innymi organizacjami oraz jednostkami zaangażowanymi w proces integracji europejskiej. Obecnie AEGEE jest wspierane przez Komisję Europejską. Posiada status doradcy Rady Europy i Organizacji Narodów Zjednoczonych w zakresie edukacji i programów nauczania, współpracuje również z UNESCO i OBWE.

Ostatnie lata AEGEE upłynęły na intensywnym wspieraniu procesu poszerzenia Unii Europejskiej a także na propagowaniu potrzeby szerzenia procesu demokratyzacji w krajach Europy Wschodniej. Rok 2005 to 20-lecie naszej organizacji.